COSUDE ha preparado un nuevo Programa regional (integración proyecto PROBONA -bosques nativos - y proyecto FOSEFOR -semillas especies nativas-) que recogiendo las experiencias y lecciones de éstos, potenciará los logros y efectos conseguidos. Este nuevo programa pretende contribuir al manejo sustentable de estos ecosistemas en Ecuador, Perú y Bolivia mediante la institucionalización progresiva de normas, procesos y mecanismos operativos en gobiernos y actores del nivel micro, meso y macro; y, la creación y/o fortalecimiento de capacidades que hagan posible un desempeño eficaz y eficiente.

El fin de la intervención de ECOBONA se define como: "Contribuir a la conservación de la biodiversidad y al mejoramiento de la calidad de vida de las poblaciones que conviven con los ecosistemas forestales andinos de Ecuador, Perú y Bolivia". Se trata de obtener efectos tangibles en los temas de conservación y manejo de la biodiversidad en beneficio de las poblaciones que conviven con dichos ecosistemas, buscando un equilibrio armónico como establecen los principios del enfoque de sistemas.